Son grand axe est traversé par l'Acequia Real, principale artère hydraulique de l'ensemble. Son plan d'origine était en croix, comme la cour des Lions, ce qui formait quatre parterres aux angles abattus.
Les célèbres jets d'eau croisés, qui ont inspiré tant de fontaines dans le monde, furent pourtant installés au XIXe siècle. Les fouilles archéologiques de 1958 ont permis de connaître son état primitif à un niveau inférieur, où l'on a retrouvé douze becs.
Entièrement close, la cour avait à l'origine un caractère très intime, qu'elle a perdu avec les transformations ultérieures. Outre les pavillons à portique des petits côtés, il existait des logements à deux niveaux, mais seulement du côté est ; ils furent gravement endommagés par l'incendie de 1958, à l'origine des fouilles.
La cour de l'Acequia était tournée vers le jardin intérieur, à l'exception d'un petit belvédère situé du côté ouest, dans l'axe du rond-point central. Tout ce côté était à l'origine fermé par un haut mur à avant-toit continu, abaissé à l'époque chrétienne ; ses amorces subsistent encore aux extrémités.
La cour fut alors ouverte sur le paysage, à la manière d'un belvédère, ce qui transforma radicalement son caractère intime. On lui ajouta un étroit couloir sur toute sa longueur, ouvert sur la cour par des arcs dont l'intrados porte, peints, les blasons des Rois catholiques avec le joug, les flèches et la célèbre devise « Tanto Monta ».
Le belvédère central devait être la seule ouverture d'origine de la cour vers l'extérieur. Il conserve un riche décor de stucs de l'époque du sultan Ismaïl Ier (1314-1325), dont une partie a été déposée, révélant qu'il recouvrait un décor antérieur de l'époque de Mohammed III (1302-1309).
Les fenêtres basses du belvédère sont caractéristiques de l'architecture nasride : elles permettaient à ceux qui étaient assis par terre, le bras appuyé sur l'appui, de contempler le paysage autour du palais avec ses vergers, ainsi que la colline de l'Alhambra et la ville basse de Grenade à l'arrière-plan.